2008年8月9日，南京明州码头有限公司成立，由宁波港集团与南京江海集团合资组建。

2008年12月28日，南京市副市长蒋宏坤在南京明州码头暨龙潭港五期工程开工典礼上宣布工程正式开工。

2009年11月19日，宁波市领导考察龙潭港五期工程。

2010年8月18日，防汛拆除，码头投入试运行。

2010年9月26日，公司第一艘件杂货船到港作业，件杂货重载调试圆满成功。

2011年7月18日，第一次靠泊外贸海轮。

2011年12月29日，首次迎来的大件设备装载船，装载了95件大件设备的“惠丰9”号轮顺利离开南京明州码头。

2012年1月12日，2012年年度工作会议暨一届一次职代会。

2012年5月25日，公司工程竣工验收完毕。

2012年11月30日，公司正式对外开放。

2013年4月19日，公司首次靠泊载重吨7万吨以上船舶

2013年9月6日，公司3#、4#泊位靠泊等级升为可靠泊载重吨不超过8.5万吨船舶。

2014年4月3日，公司3#、4#泊位结构加固改造工程通过竣工验收

2015年9月9日，公司新增装船机投产。

2016年9月3日，公司靠泊南京地区第一条吃水超过11.36米的船舶。

2017年12月，公司实现盈利，迈向转型升级。

2018年2月13日，宁波舟山港集团与南京江海集团有限公司签订《股权转让协议》，公司正式成为国有全资。

2018年3月12日，接卸开港以来最大船舶——“佐斯比”超等级矿船，此船共作业52小时，单机作业效率达到240吨每小时，比平均效率提升了4.3%。

2018年11月1日，港区封闭式管理开始运行。

2018年11月8日，新增5号16t门机，为公司带来了新的生产力，预计年回报率12.7%。

2019年5月9日，完成“中昌鼎盛”号接卸任务，标志着公司成功开启黄沙“海进江”业务。

2019年5月12日，34小时内完成装载4.13万吨电煤“银宝”轮的接卸任务，门机单机效率却高达242吨/小时，打破239吨/小时记录，创历史新高。

2019年5月15日，“中汇76”号顺利停靠公司3#泊位，改写了公司2项纪录——最大载货量由5.3万吨提高至6.22万吨，停靠最宽船舶由32米提高至36米。

2019年6月24日，成立环境保障大队，公司现场环境面貌有效提升。

2019年10月16日，浙江省国资委副主任、党委委员刘盛辉一行5人来我公司考察调研。

2019年11月20日，南京市交通运输局及10多家知名媒体对我司扬尘治理工作进行集中报道。

2020年4月，公司职工曹仁杰获“南京市五一劳动奖章”荣誉称号。

2020年7月12日，随着“鑫武瑞海”海轮作业结束，公司历年货物吞吐量累计突破1亿吨。

2021年6月24日，宁波舟山港长江片区党建联盟正式成立。这是集团内首个打破地域限制，连点成线组建成立的片区化党建联盟。

2021年11月5日，“明州-南钢”铁路重载装车启动仪式成功举行。

2021年11月，公司获“2021年度全国交通运输文化建设优秀单位”荣誉称号。

2022年3月，公司完成货物吞吐量162.51万吨，完成货物接卸量98.56万吨，两项数据均创单月历史新高。

2022年10月，公司煤炭水铁联运业务实现“隔天班”。

2022年11月，公司“史俊峰劳模创新工作室”成功被认定为南京市级劳模创新工作室。

2023年4月25日，公司首届职工文化节启动，“几何工会”品牌正式发布；9月，公司获评南京市幸福企业。

2023年4月13日公司单日吞吐量达9.56万吨，7月公司单月货物吞吐量达186.11万吨，10月公司单月货物接卸量达103.05万吨，三项数据均创历史新高；8月9日，随着“长航东海”海轮作业结束，公司历年累计完成货物吞吐量突破1.5亿吨大关，实现发展新跨越。

2023年12月24日，船长229米，宽36.8米，型深19.9米，载重87329吨的“粤电83”轮减载后安全靠泊，这是公司开港运营以来，接卸的最长、最宽、最大载重吨型海轮。

2023年12月15日，公司4#泊位及部分场地流程化改造项目顺利通过交工验收，实现散货码头全流程作业工艺。